Odkryto tę rasę na przełomie XIX i XX wieku, na terenach Prealp w okolicach Schwarzenburga. Psy te występowały także w dolinie Emmental, niedaleko Berna i Burgdorfu jako psy stróżujące obejścia oraz zwierząt hodowlanych, a także jako psy zaganiające. Gdy na terenach nizinnych Szwajcarii zaczęły powstawać w dużej liczbie serownie, berneńczyki wykorzystywano dodatkowo jako psy transportujące, zaprzęgane do wózków z nabiałem. Opisywano je wówczas jako duże, masywne zwierzęta z głową o mocnej budowie i najczęściej czarnym umaszczeniu (wierzono, że czarne psy odpędzają złe duchy, dlatego preferowano taką maść).
Pod koniec XIX w, w małej miejscowości Dürrbach, za sprawą tamtejszego oberżysty, który hodował i sprzedawał gościom trójkolorowe psy, rasa zyskała pierwszą oficjalną nazwę; brzmiała ona Dürrbachler. W 1899 roku powstał Związek Kynologiczny „Berna” zrzeszający hodowców psów rasowych z kantonu berneńskiego. Pierwszym inicjatorem powstania czystej hodowli berneńskiego psa pasterskiego był, żyjący w latach 1867 – 1945, Fritz Probst. Po międzynarodowej wystawie w Bernie w 1904 roku, psy tej rasy zostały zauważone i docenione przez środowisko kynologów. Od tamtej pory zaczęło wzrastać także zainteresowanie tą rasą osób o wyższym statusie materialnym, takich jak handlowcy czy fabrykanci.
Jednak panująca wówczas moda na bernardyny, sprawiła że berneńczyk był mniej popularny. Na początku XX w profesor Albert Heim i Franz Schertenleib odnaleźli kilka psów na terenie szwajcarskich farm i rozpoczęto ratowanie rasy.
W 1907 roku założono Schweizerische Dürrbach-Klub i opublikowano pierwszy wzorzec. Nazwę Dürrbachler zmieniono na Berner Sennenhund – Berneński Pies Pasterki. W 1913 roku rasa została uznana przez Szwajcarski Związek Kynologiczny.